Convert an Seurat object to an SpaCET object.
Examples
visiumPath <- file.path(system.file(package = "SpaCET"), "extdata/Visium_BC")
Seurat_obj <- Seurat::Load10X_Spatial(data.dir = visiumPath)
SpaCET_obj <- convert.Seurat(Seurat_obj)
SpaCET_obj <- SpaCET.quality.control(SpaCET_obj)
SpaCET.visualize.spatialFeature(SpaCET_obj, spatialType = "QualityControl", spatialFeatures=c("UMI","Gene"))