Add SpaCET to Seurat — addTo.Seurat • SpaCET

Add deconvolution results from an SpaCET object to an Seurat object as a new assay.

Usage

addTo.Seurat(SpaCET_obj, Seurat_obj)

Arguments

SpaCET_obj: An SpaCET object.
Seurat_obj: An Seurat object.

Value

An Seurat object.

Examples

visiumPath <- file.path(system.file(package = "SpaCET"), "extdata/Visium_BC")
Seurat_obj <- Seurat::Load10X_Spatial(data.dir = visiumPath)
SpaCET_obj <- convert.Seurat(Seurat_obj)
SpaCET_obj <- SpaCET.quality.control(SpaCET_obj)
SpaCET_obj <- SpaCET.deconvolution(SpaCET_obj, cancerType="BRCA", coreNo=8)
Seurat_obj <- addTo.Seurat(SpaCET_obj, Seurat_obj)
Seurat::DefaultAssay(Seurat_obj) <- "propMatFromSpaCET"
Seurat::SpatialFeaturePlot(Seurat_obj, features = c("CAF", "Macrophage"))